Ao lado do edifício Sede II, foi inaugurada, em outubro de 2001, mais um espaço para o Tribunal, o edifício Dona Marta. A posse desse novo espaço foi possível graças a um convênio com a Caixa Econômica Federal, que cedeu o direito de ocupação do prédio recém-construído na quadra 2 do Setor de Autarquias Sul.

Em virtude de uma reforma realizada no edifício Sede II, foi necessário transferir provisoriamente algumas unidades do Tribunal, em fevereiro de 2003, para dois andares do edifício Funasa, localizado na quadra 4 do Setor de Autarquias Sul. Após o período da reforma, as unidades retornaram ao edifício Sede II, passando esses dois andares a ser ocupados pelo Juizado Especial Federal do Distrito Federal. Posteriormente, em 2007, o Tribunal voltou a utilizar esses andares, após o Juizado ter sido transferido para o edifício Cidade de Cabo Frio.

Em 2004 foi concluída a construção do edifício Base Operacional de Serviços Administrativos do Tribunal, para onde foram deslocadas as oficinas, garagens e carretas dos Juizados Especiais Federais itinerantes.