A Coordenação dos Juizados Especiais Federais (Cojef) foi criada em setembro de 2002, com a reestruturação organizacional do TRF implementada por meio da Resolução 22, de 26 de setembro do mesmo ano. Tem o objetivo de coordenar, supervisionar e orientar as atividades de apoio administrativo necessárias à execução das funções do Coordenador dos Juizados Especiais Federais e as cartorárias da Turma Regional de Uniformização de Jurisprudência.

Dentre as atribuições da Cojef está a de prestar assessoramento ao coordenador regional e aos juízes auxiliares na execução das atividades administrativas da Coordenação e a de orientar as atividades relativas à Turma Regional de Uniformização de Jurisprudência.